haplogroupe J2a1b

[ffoucart]

Bonjour,

Des références, oui et non. Déjà, je ne suis pas un spécialiste des haplogroupes, et a fortiori pour J2. Il y a un forum (anglophone, anthrogenica, mais avec une partie francophone) où tout ce qui a trait à la génétique des populations est discuté, avec une partie importante en paléogénétique. Mais sinon, il faut essayer de se tenir au courant des articles publiés sur ces questions. Bernard Sécher tient bien son blog à jour, avec des résumés en français:
http://secher.bernard.free.fr/blog/index.php?

Avec un résumé qui vous intéressera:
http://secher.bernard.free.fr/blog/index.php?post/2016/01/18/Expansion-de-l-haplogroupe-J2-M172-du-chromosome-Y-et-diffusion-du-N%C3%A9olithique-en-Inde

Sinon, un point rapide pour comprendre la problématique de J2 dans la distribution européenne:
- au Mésolithique (avant l'arrivée des fermiers Anatoliens), l'Europe était peuplée de différentes populations de chasseurs-cueilleurs (WHG à l'Ouest, EHG à l'Est, et CHG au Caucase). Je vous mets un lien sur le post de Bernard Sécher sur l'article de référence (de Mathieson):
http://secher.bernard.free.fr/blog/index.php?post/2017/05/12/L-histoire-g%C3%A9nomique-de-l-Europe-du-Sud-Est

Si on a trouvé l'haplogroupe J chez les EHG, cela est rare, les haplogroupes des WHG et EHG étant I1 ou I2 et R1a/b de manière très majoritaire. J est plutôt lié au CHG, chez qui on a trouvé J1 et J2.
- les Néolithiques sont venus d'Anatolie, en se métissant avec les chasseurs-cueilleurs européens, mais peu. Et l'origine du composant WHG chez les Néolithiques Européens est discuté, et peu être variable (plutôt venant des Balkans pour certains). Il en tout cas eu plusieurs vagues, et deux grands mouvements: l'un suivant les côtes méditerranéennes, et l'autre le Danube.
https://books.openedition.org/editionscnrs/15653?lang=fr
Même si il y a deux routes, la population des Néolithiques est la même (ou peu s'en faut).
Il faut probablement y ajouter un courant ayant plutôt suivi les îles de la Méditerranée, qui lui est légérement différent (avec un apport du Levant?).
Ces populations au niveau haplogroupe Y sont surtout G2, mais on trouve du J et du E, sutout au Sud.
Et durant le Néolithique, on observe de profonds changements, puisque l'hapogroupe I2 (des WHG) effectue un retour spectaculaire et devient majoritaire à la fin du Néolithique
http://secher.bernard.free.fr/blog/index.php?post/2021/01/12/G%C3%A9nomes-anciens-%C3%A0-la-fin-du-N%C3%A9olithique-et-au-Campaniforme-en-France
Les Campaniformes (Néolithique Final/début de l'Age du Bronze) diffusent un signal autosomal typique de la Steppe Pontique ainsi que les haplogroupes dérivés de R1bP312 qui deviennent largement majoritaires en Europe Occidentale.

Donc, J2 étant lié plutôt aux CHG, avec une présence chez une partie des Néolithiques Européens, mais plutôt du Courant Méditerranéen (plutôt du côté des Balkans), il semble ne pas avoir été repris chez les populations parties plus à l'Ouest.

En effet, il faut bien comprendre que l'on perd en diversité au fil de la migration, puisque la population du "front de Néolithisation" ne représente qu'une petite partie de la population initiale (c'est un exemple de ce qu'est un "effet fondateur"). Et le chromosome Y est particulièrement sujet aux "effets fondateurs". D'où des modifications susbtantielles des fréquences dans le temps. Et une impossibilité de prendre les fréquences existantes dans les populations modernes pour extrapoler sur les populations anciennes (ce qui a longtemps été fait faute d'échantillons anciens, ce qui a conduit à de profondes remises en question lorsqu'ils sont devenus disponibles).

J'arrête là, mais j'espère que cela permet de comprendre que ce n'est parcequ'un haplogroupe Y est trouvé en Hongrie il y a 5000 ans qu'il a quelquechose à voir avec les personnes modernes portant cet haplogroupe.

Un exemple simple, pour l'haplogroupe Mt d'Ötzi, qui a son propre sous clade sous K1, car sa branche n'a jamais été retrouvée chez les personnes vivantes actuellement. K1 était donc présent chez les Néolithiques, mais les modernes vivant au même endroit ne descendent pas de la même lignée.

Bien cordialement,

[j2gasnier]

La majorité des Romains sont J2, je suis certain qu'il y avait une diaspora des Romains d'Aquincum de Pannonie, chassés par les Huns d'Attila. Ce groupe de personnes J2 se sont installés chez les Francs pour se mettre à l'abri, et cela explique la présence des J2 en France (5%).

[jerome4]

La répartition des J2 en Europe aujourd'hui d'après le project FTDNA j2 M172:

On voit une concentration plus importante en Italie du Sud, Sicile, mais aussi dans le Caucase et en Europe central et de l'Est (mais peu en Russie).
Et d'une manière générale, toute l'Europe.
Réduire les J2 aux Romains est faux et très réducteur.

J2 fait partie de la formation des européens en général, et fait donc sans doute partie de l'une des 3 populations d'origine.
WHG: probablement que non.
les agriculteurs d'Europe de l'Ouest: probablement que non
les agriculteurs d'Europe central ou de l'est: probablement que oui
Les Steppes (mélange 30%caucase 70% EHG): peut-être? aussi?

On sait que les populations de langues indo-Européens ont envahi l'Europe de l'Ouest avec une grosse quantité d'ADN venant des néolithique d'Europe central et de l'Est. La première arrivée massive de J2 doit donc sans doute venir de cette époque.
Que d'autres arrivants J2 puissent venir après, pourquoi pas. Mais je ne pense pas que ce soit le gros du troupeau!

Les analyses des anciens génomes sont bien, et fort utiles, mais en aucun cas on ne peut établir des pourcentages de fréquences fiables d'haplogroupes. De plus, de grandes zones ne sont pas testées, et souvent ce sont plusieurs squelettes d'un même site qui sont testés, d'où des biais évident.

On va sans doute me dire que la carte du projet FTDNA est biaisé par le nombre de testeurs différents entre pays (je ne savais pas que les Italiens du Sud ou que les européens d'Europe central se faisaient plus testés ), mais elle est certainement moins biaisée qu'une carte d'haplogroupes d'anciens génomes!

[ffoucart]

La majorité des Romains sont J2, je suis certain qu'il y avait une diaspora des Romains d'Aquincum de Pannonie, chassés par les Huns d'Attila. Ce groupe de personnes J2 se sont installés chez les Francs pour se mettre à l'abri, et cela explique la présence des J2 en France (5%).

Houlà, c'est du roman! Aucun moyen de vérifier, et même, c'est impossible que TOUS les J2 de France puissent venir d'une telle population. Au mieux, cela pourrait explique quelques lignées. Mais de toutes façons, ce n'est pas un fait historique.

Bien cordialement,

[ffoucart]

Bonjour,

La répartition des J2 en Europe aujourd'hui d'après le project FTDNA j2 M172:

Tu sais bien que l'on ne peut pas extrapoler directement d'une distribution moderne pour connaître l'origine et le mode de diffusion d'un haplogroupe Y.

On sait que les populations de langues indo-Européens ont envahi l'Europe de l'Ouest avec une grosse quantité d'ADN venant des néolithique d'Europe central et de l'Est. La première arrivée massive de J2 doit donc sans doute venir de cette époque.
Que d'autres arrivants J2 puissent venir après, pourquoi pas. Mais je ne pense pas que ce soit le gros du troupeau!

Je ne te suis pas sur ce point. Si l'arrivée des populations des Steppes a modifié profondément la carte génétique de l'Europe, c'est surtout au niveau autosomal que la carte a été peu modifiée par la suite. Ce n'est pas vrai pour les haplogroupes Y. La carte a beaucoup bougé. Les Yamnaya étaient massivement R1b, et 1500 ans plus tard, c'est R1a qui domine dans la Steppe Pontique.

R1b L21 en Irlande a un TMRCA récent pour 90% des individus.

U106 s'est répandu avec les Germains, etc...

Et il n'y a aucune raison pour lier les J2 aux expansions indo-européennes (au contraire même, sauf éventuellement en secondaire en Europe du Sud, ou en dehors de l'Europe).

Les analyses des anciens génomes sont bien, et fort utiles, mais en aucun cas on ne peut établir des pourcentages de fréquences fiables d'haplogroupes. De plus, de grandes zones ne sont pas testées, et souvent ce sont plusieurs squelettes d'un même site qui sont testés, d'où des biais évident.

Nous sommes d'accord, mais garde à l'esprit que l'on prend aussi en considération d'autres sites de même culture et ceux de cultures postérieures.

Cela ne permet pas d'exclure la présence d'un haplogroupe, mais pas non plus de conclure à sa présence. Concernant les Indo-Européens, compte tenu de leur culture (qui conduit à l'exclusion des lignages rivaux de la reproduction, surtout ceux de culture différente), les lignages sont connus, et en voir apparaître d'autres serait assez surprenant (tu me diras "et L51?", je te répondrais que l'on a L23, Z2103, V1636... donc que l'on reste dans le même clade). J2 n'est jamais trouvé dans les Steppes dans les cultures PIE (et on a des dizaines d'individus, et même des centaines publiés, et des milliers en stock). Et, sauf erreur, on n'a pas eu de "spoilers" sur du J2 dans ces populations. Je ne suis pas convaincu par la thèse développée par certains de sous clades indo-européanisés dans les Balkans (notamment pour expliquer les fréquences en Albanie). Mais je n’ai rien contre. Et ce serait un mouvement secondaire, le mouvement primaire venu de la Steppe Pontique restant composé de R1a, R1b et I2. Les rares J ou Q ne semblent pas avoir suivi le mouvement.

On va sans doute me dire que la carte du projet FTDNA est biaisé par le nombre de testeurs différents entre pays (je ne savais pas que les Italiens du Sud ou que les européens d'Europe central se faisaient plus testés ), mais elle est certainement moins biaisée qu'une carte d'haplogroupes d'anciens génomes!

Effectivement les deux sont biaisées, et doivent être prises avec précaution. Mais on a trouvé J2 dans l'ADN ancien. Au Sud. Et les échanges économiques dès le Chalcolithique ont été orientés N/S. J2 semble quand même très lié aux populations du Levant, et s'être diffusé avec ces populations. Evidemment vers la Grèce et l'Italie à l'Age du Bronze et pendant l'Antiquité, et vers la Méditerranée Occidentale avec les Grecs et les Phéniciens.

En l'état, rien n'indique que J2 se soit diffusé au Néolithique, et pas après.

Bien cordialement,

PS: un point important, c’est que compte tenu du remplacement massif des lignées masculines réalisées par les migrants des Steppes, pour que J2 ait pu arriver par leur biais en Europe Occidentale, il aurait fallut que des hommes J2 ait été assimilés sur leur route. Possible s’il étaient passés par les Portes de Fer. Donc s’il s’étaient agi des Yamnayas de Hongrie. Leurs haplogroupes ne sont pas connus. Mais I2 et R1b semblent les candidats probables (I2 ayant été trouvé chez les Yamnaya de Bulgarie). Mais les Yamnaya n’ont pas atteint l’Europe Occidentale. C’est les Cordés passés par la plaine Nord Européenne. Donc pas de passage dans une région riche en J2.
Accessoirement, le J2 Neolithique Hongrois est d’un sous-clade nettement divergent et éteint.

[ffoucart]

Re

David a publié un nouveau post sur son blog (Eurogenes) sur l’ethnogenese des IE. Anthony semble continuer à deconner grave. Tant qu’Harvard et Max Planck restent à essayer de chercher un Urheimat au Sud du Caucase, ça va être bizarre.

[j2gasnier]

Je crois qu'on m'a mal compris, la ville de Aquincum était une ville Romaine avec à mon avis énormément de J2 et qui a été envahie par les Huns de Attila, ce n'est pas du roman, mais de l'Histoire... Il m'est évident qu'il y aurait un diaspora ! S'il y a des J2 en France, je ne dis pas que TOUS viennent au même endroit à l'Est de l'Europe... Il y a 5 % de J2 en France, c'est vraiment très très peu, tout cela est une affaire d'Historiens, et non de la génétique.

[ffoucart]

Je crois qu'on m'a mal compris, la ville de Aquincum était une ville Romaine avec à mon avis énormément de J2 et qui a été envahie par les Huns de Attila, ce n'est pas du roman, mais de l'Histoire... Il m'est évident qu'il y aurait un diaspora ! S'il y a des J2 en France, je ne dis pas que TOUS viennent au même endroit à l'Est de l'Europe... Il y a 5 % de J2 en France, c'est vraiment très très peu, tout cela est une affaire d'Historiens, et non de la génétique.

Bonjour,

Déjà, l’Empire romain recouvrait tout le Bassin Méditerranéen, donc avec des individus et des cultures très variés. Ensuite, des Colonies romaines il y en a eu dans tout l’Empire. Ce qui n’implique pas que les colons aient été romains ou même italiens.

Votre « avis est que... » Donc vous n’en savez rien. Les Huns ont fait des razzias dans une bonne partie de l’Europe de l’Ouest. Y compris en Gaule.

Pourquoi vous focalisez sur cette cité?

Par ailleurs, les Francs n’étaient pas encore unifiés à cette époque, et n’étaient pas en Pannonie ( Charlemagne avait étendu son Regnum Francorum jusque là, mais bien plus tard).

Je suis désolé, mais vous liez des choses de manière artificielle, et vous comblez les trous en inventant des éléments (suppositions, déductions mal étayées). Pour moi c’est du roman, pas de l’Histoire.

On croise ce type de discours assez couramment chez les érudits, même si la tendance est fortement à la baisse depuis une cinquantaine d’années. Je dois aussi dire que cette tendance existe chez certains historiens notamment chez des historiens anglo-saxons. D’où ma critique dans précédent post d’Anthony qui extrapole beaucoup sur certains points, ce qui invalide son raisonnement.

Bien cordialement,

[eikvarnier]

Bonjour,

Réduire les J2 aux Romains est faux et très réducteur.

Tout à fait.
Déjà parler de "J2" au sens large en Europe n'a absolument aucun sens.
J2a (M410) et J2b (M102) se sont séparés il y a 27000 ans et n'ont pas du tout la même distribution moderne (c.a.d. des modes de diffusions différents).
J2 englobe beaucoup trop de chose pour être traité comme un seul haplogroupe à l'époque néolithique (même J2a et J2b sont trop vastes).
C'est du même acabit que quelqu'un qui essayerait de traiter via les mêmes mouvements migratoires pour les R-P297 et les R-V88.

Si on cherche un clade de J2 Européen que l'on ne trouve pas au moyen orient, le premier à considérer est J-L283 descendant de J-M241. L'autre Descendant de cet haplogroupe, J-Z2432 se trouve vers l'Inde.
Cet haplogroupe est surement en Europe (bassin du Danube ou bord de la mer noire) depuis le néolithique.

J2a a aussi des sous-clade qui sont surement arrivé en Europe au néolithique, par exemple J-L210 qui pourrait bien avoir suivie le même chemin que J-L283, d'autres J2a sont même surement entré en Europe au néolithique et ont surement assez tôt migrés plus au nord, c'est le cas des J-PF4888.

Une bonne partie de la diffusion des J2-néolithiques européens découle surement des mouvement de population à la fin du néolithique induit par l'expansion IE. L'endroit où les J2 ont été embarqué par la vague IE reste à établir (bord de la mer noire/bassin du Danube) ... mais ces lignées étant rares, les trouver dans un squelette ancien de l'époque serait un miracle.
D'autres diffusions de J2a ont eut lieu à l'époque romaine, mais réduire tout les J2 européens à ce mode de diffusion serait bien trop simpliste.

E.

[ffoucart]

Bonjour,

Déjà, il faut rappeler une considération de base: la distribution moderne ne dit rien de la distribution ancienne (ou pas grand chose). Attention à ne pas calquer une situation moderne sur le passé.

Déjà parler de "J2" au sens large en Europe n'a absolument aucun sens.

Oui et non. J2 n'était pas présent chez les chasseurs cueilleurs européens, ni chez les WHG, ni chez les EHG (qui avaient J pourtant).

Il n'est donc pas absurde de s'interroger sur comment cet haplogroupe est arrivé, puisque son arrivée est (relativement) récente.

Mais, pas d'arrivée unique, on est bien d'accord.

J2a a aussi des sous-clade qui sont surement arrivé en Europe au néolithique, par exemple J-L210 qui pourrait bien avoir suivie le même chemin que J-L283, d'autres J2a sont même surement entré en Europe au néolithique et ont surement assez tôt migrés plus au nord, c'est le cas des J-PF4888..

Pure supputation. Pas impossible, mais J2 est quasiment totalement absent du registre à l'époque Néolithique (J2a comme J2b). Du moins, en dehors des Balkans où les populations égéennes étant proches des populations anatoliennes, et où il n'est pas impossible qu'il soit présent.

De toutes façons, le remplacement a été tel avec les migrations des Steppes, qu'une survivance de J2, qui serait ultra minoritaire dans votre hypothèse, paraît très peu probable.

Une bonne partie de la diffusion des J2-néolithiques européens découle surement des mouvement de population à la fin du néolithique induit par l'expansion IE. L'endroit où les J2 ont été embarqué par la vague IE reste à établir (bord de la mer noire/bassin du Danube) ... mais ces lignées étant rares, les trouver dans un squelette ancien de l'époque serait un miracle.

Les J2 Néolithiques introduits par les IE à la fin du Néolithique? A priori, non. J2 est absent des populations venues des Steppes, Yamnaya, comme Cordés ou Campaniformes (pour celles qui nous intéressent).

Je ne crois pas du tout à l'explication d'un haplogroupe "fantôme". On a des milliers d'échantillons en stock désormais. Peu sont publiés, mais un J2, on en aurait eu vent. De toutes façons, il y aurait un problème: sauf un effet fondateur massif, cela ne rendrait pas compte de l'arrivée de cet haplogroupe à partir du Bronze.

A priori, il y a eu un apport de J2 aux IE plutôt dans les Balkans. J2 semble se diffuser surtout avec un apport de l'Est dans les Balkans (Anatolia ChL) au Chalcolithique, et c'est là que l'on trouve des migrations des Steppes à partir du IVème millénaire (Mathieson et al 2018). On a un apport très net d'une population riche en CHG à cette époque, sans liaison avec les Steppes. Les Balkans sont à la confluence de ces deux mouvements.

D'autres diffusions de J2a ont eut lieu à l'époque romaine, mais réduire tout les J2 européens à ce mode de diffusion serait bien trop simpliste.

C'est tout à fait évident.

Mais ce qu'il a de plus probable aujourd'hui est l'arrivée de J2 en Europe de l'Ouest par l'installation de populations de la Méditerranée Orientale sur le pourtour méditerranéen. C'est encore mal compris, mais il n'y avait probablement pas que les Phéniciens et les Grecs (tous deux avec du J2, là c'est clair).

On attend des résultats pour El Argar. A priori, il y aurait bien une composante méditerranéenne non négligeable. Ce qui laisse entendre des mouvements de populations de l'Est dès le Bronze Ancien.

Bien cordialement,

[eikvarnier]

Il n'est donc pas absurde de s'interroger sur comment cet haplogroupe est arrivé, puisque son arrivée est (relativement) récente.

J2 n'est pas arrivé en Europe, ce sont certains haplogroupe descendants qui sont arrivés.
Parler des "J2" comme un ensemble pour le néolithique européen est un non-sens.
Les J2 ne sont plus un ensemble cohérent depuis 27000 ans.
Sinon autant parler de A00 ...

Pure supputation.

Non. Simple question de distribution de diversité des descendants.
J-L283 n'existe qu'en Europe
J-L210 n'existe qu'en Europe (distribution similaires)
J-PF4888 n'existe qu'en Europe de l'est

Cela établi qu'à leur sortie de bottle-neck à la fin du néolithique ces populations sont, le plus probablement, en Europe.
Donc, non il ne s'agit pas d'une supputation ... il s'agit d'une déduction.

Notons que la distribution J-L283 est très similaire à E-V13 et G-497 une fois que l'on élimine des effets fondateurs récents.

J2 est quasiment totalement absent du registre à l'époque Néolithique (J2a comme J2b).

Oui, et vous n'en trouverez probablement pas vu les lignées descendantes. J-L283 est en plein bottleneck (qui dure ~4000 ans) pendant le néolithique, tomber sur un specimen serait un miracle.
Les ADN anciens sont pertinents pour les haplogroupes dominants ... totalement inutile pour les haplogroupes en plein bottleneck.

De toutes façons, le remplacement a été tel avec les migrations des Steppes, qu'une survivance de J2, qui serait ultra minoritaire dans votre hypothèse, paraît très peu probable.

C'est tout le soucis avec des lignées qui ont des bottleneck de plusieurs millénaires ... leur survie est improbable, et pourtant elles ont survécus.

Les J2 Néolithiques introduits par les IE à la fin du Néolithique? A priori, non. J2 est absent des populations venues des Steppes, Yamnaya, comme Cordés ou Campaniformes

Relisez ce que j'ai écris, si vous ne comprenez pas recommencez.

Je ne crois pas du tout à l'explication d'un haplogroupe "fantôme". On a des milliers d'échantillons en stock désormais. Peu sont publiés, mais un J2, on en aurait eu vent. De toutes façons, il y aurait un problème: sauf un effet fondateur massif, cela ne rendrait pas compte de l'arrivée de cet haplogroupe à partir du Bronze.

Il est fantôme par définition ... il n'existe aucun échantillon sur la ligne M241->L283 depuis la séparation avec J-Z2432.
Donc bref, pas de L283 pendant une paire de milliers d'années.
Dans votre logique, L283 était donc nulle part ... il avait passé la porte des étoiles ?

A priori, il y a eu un apport de J2 aux IE plutôt dans les Balkans.

Donc les J2 qui ne sont pas en Europe intègrent les IE dans les Balkan ... ... conceptuel.

Je commence à me demander pourquoi je vous réponds ... ça ne va nulle part avec vous.
Aucune méthode ... vous continuez de parler de "J2" en Europe comme si cela avait la moindre pertinence.

E.

[ffoucart]

Cela établi qu'à leur sortie de bottle-neck à la fin du néolithique ces populations sont, le plus probablement, en Europe.
Donc, non il ne s'agit pas d'une supputation ... il s'agit d'une déduction.

Il n'y a pas eu de "bottleneck" à la fin du Néolithique. Pour avoir un "bottleneck", il faut une population réduite, ce qui n'est pas le cas à cette période. Il me semble abusif pour évoquer la situation d'un seul haplogroupe dans une population large.

Je me répète: la distribution moderne ne dit quasiment rien de la distribution ancienne. Sinon, on ne trouverait pas le Mt Haplogroupe U6 en Europe au Paléolithique et autres joyeusetés.

Notons que la distribution J-L283 est très similaire à E-V13 et G-497 une fois que l'on élimine des effets fondateurs récents..

Ce qui correspond plutôt à ce que je vous ai indiqué: présence dans les Balkans en contact avec l'Anatolie et sous une influence orientale (E V13 serait plutôt lié aux Natoufiens).

L'expansion ultérieure serait liée à l'intégration à des populations IE venues des Steppes, puis à leur expansion dans les Balkans à l'Age du Bronze (donc IIIème millénaire).

J2 est quasiment totalement absent du registre à l'époque Néolithique (J2a comme J2b).

Oui, et vous n'en trouverez probablement pas vu les lignées descendantes. J-L283 est en plein bottleneck (qui dure ~4000 ans) pendant le néolithique, tomber sur un specimen serait un miracle.
Les ADN anciens sont pertinents pour les haplogroupes dominants ... totalement inutile pour les haplogroupes en plein bottleneck.

Ce n'est pas exact. On retrouve une diversité non négligeable dans les restes anciens, mais la plupart de ces lignées sont éteintes.

A minima, votre argument serait recevable si on trouvait des J2, même d'autres sous clades. Ce qui n'est pas vraiment le cas.

De toutes façons, le remplacement a été tel avec les migrations des Steppes, qu'une survivance de J2, qui serait ultra minoritaire dans votre hypothèse, paraît très peu probable.

C'est tout le soucis avec des lignées qui ont des bottleneck de plusieurs millénaires ... leur survie est improbable, et pourtant elles ont survécus.[/quote]

Certes, mais pourquoi les faire survivre à des endroits où elles n'ont aucun lien à priori? Ni aucune trace d'aucune sorte?

Relisez ce que j'ai écris, si vous ne comprenez pas recommencez.

Là, il y a un gros problème de compréhension du phénomène migratoire. Pour avoir été apporté, il faudrait avoir été présent. Or, on ne trouve pas de J2, d'aucune sorte, dans les Steppes. A ce jour, on a du J (mais on un EHG J dans le Nord de la Russie, alors...), du R1a, du R1b, du I2a, du Q.. Mais pas de J2.

Or, ces populations étaient très patrilinéaires. Avec de très forts effets fondateurs. Ce qui implique que les hommes qui n'appartenaient pas au lignage étaient écartés de la reproduction. D'où plus de 90% de remplacement des chromosomes Y en Europe Occidentale (et des lignées Néolithiques complétement éliminées au passage).

Alors, il est possible que votre "haplogroupe fantôme" soit lié aux IE, mais plutôt dans une deuxième phase, quand ils se sont mélangés avec les Néolithiques, y compris avec les hommes. Et cela s'est plutôt produit dans les Balkans.

Je ne crois pas du tout à l'explication d'un haplogroupe "fantôme". On a des milliers d'échantillons en stock désormais. Peu sont publiés, mais un J2, on en aurait eu vent. De toutes façons, il y aurait un problème: sauf un effet fondateur massif, cela ne rendrait pas compte de l'arrivée de cet haplogroupe à partir du Bronze.

Il est fantôme par définition ... il n'existe aucun échantillon sur la ligne M241->L283 depuis la séparation avec J-Z2432.
Donc bref, pas de L283 pendant une paire de milliers d'années.
Dans votre logique, L283 était donc nulle part ... il avait passé la porte des étoiles ?[/quote]

Non, il était là où il devait être: dans une population non testée (ce n'est pas cela qui manque). Plus logiquement là où on trouve du J2 (ce que l'on a trouvé).

Donc les J2 qui ne sont pas en Europe intègrent les IE dans les Balkan ... ... conceptuel.

Les Balkans n'ont pas été peuplés par les mêmes populations Néolitiques que le reste de l'Europe. Il y aurait eu trois vagues distinctes venues d'Anatolie. Sans compter une vague plus "Méditerranéenne" dans les îles.

J'ai bien précisé que les Balkans étaient un cas particulier, d'autant que les populations qui ont donné les Anatoliens du Néolithique étaient présentes sur la Mer Egée (qui n'avait pas du tout la même configuration).

Mais les IE ne sont pas originaies des Balkans, les peuples des Steppes ne commencent qu'à y arriver vers 4000 av JC (Cernavoda, Usatovo)

On devrait en savoir un peu plus dans les prochains mois, ceci dit.

Je commence à me demander pourquoi je vous réponds ... ça ne va nulle part avec vous.
Aucune méthode ... vous continuez de parler de "J2" en Europe comme si cela avait la moindre pertinence.

J'évoque J2 car vous devez comprendre qu'un ADN ancien est forcément dégradé, et que, par conséquent, on ne peut pas toujours classer correctement les haplogroupes. Trouver J2 peut vouloir dire trouver J2 L283. Mais ne pas trouver de J2, quelquesoit le sousclade pose problème.

Bien évidemment, l'absence de preuve n'est pas une preuve d'absence. Mais il est curieux de noter l'arrivée d'une signature autosomique Iran_ChL (par Anatolian_ChL) à l'âge du Bronze Ancien dans les Balkans, sachant que J2 et ses sous clades sont justement plus fréquents dans ces régions.

Et que pensez-vous du J2 L283 cité dans la publication de Mathieson?

Bien cordialement,

[eikvarnier]

Il y aurait beaucoup à dire, je vais tenter de faire court:

A minima, votre argument serait recevable si on trouvait des J2, même d'autres sous clades.

Votre objection principale, c'est l'absence d'ADN anciens.
Prenez votre haplogroupe favori, trouvez des lignées qui diffusent peu (temps important entre la formation et le MRCA des descendants).
Dans quel proportion de l'ADN ancien est-il trouvé de ces lignés ?
A ma connaissance, si l'on regarde le nombre de lignés qui n'ont pas d'ADN ancien retrouvée, c'est la majorité.

Prenons même le cas de J-L283, combien y a t-il de lignée sans ADN ancien avec combien de temps écoulé depuis le MRCA
-Pour J-YP91, 5500 ans, à ma connaissance pas d'ADN ancien.
-Pour J-YP113, 5000 ans, pas d'ADN ancien
-Pour J-Y146400, 4000 ans, pas d'ADN ancien
-Pour J-Z40052, 4000 ans, pas d'ADN ancien
-Pour J-BY161113, 4000 ans, pas d'ADN ancien
-...
La liste pourrait être longue.

Même en considérant les J2 anciens découvert qui n'ont pas été testé pour être placé avec exactitude sur l'arbre, il serait impossible de remplir toute les lignés.

Bref, actuellement, avec la couverture d'ADN anciens, il n'y a pas la profondeur statistique pour faire dire ce que vous voulez faire dire aux ADN anciens issues de l'archéologie.

Sinon, trouver d'autres sous-clade de J2, ce serait intéressant pour ces sous-clades, mais complètement non-pertinent pour L283.
Une fois les lignés séparées, elles vivent leurs vies. C'est comme croire que trouver du L283 indique que l'on va surement trouver du Z2432 au même endroit parce que les deux descendent de M241 ... bah non ! C'est même quasiment l'inverse en pratique.

L'entrée en Europe de cette branche est entre 9500 et 5500bp, et ces populations faisaient le plus probablement partie des populations néolithique du moyen-orient. Z2432 c'est diffusé en Inde très tôt (vers 7500bp voir avant) vu la distribution des descendants.
Et la très bonne corrélation avec les populations plus anciennes de l'Inde (ex: H ou L) avec lesquelles il se sont mélangé va aussi dans ce sens.

la distribution moderne ne dit quasiment rien de la distribution ancienne.

Par définition, la distribution moderne est la distribution ancienne convoluée par une série d'évènements.
La distribution moderne est au contraire très informative sur la position de l'ancêtre commun. Même si des considérations archéologiques sont indispensables pour tenir compte d'évènements potentiellement très impactant sur la démographie moderne.

Par exemple, si vous voulez justifier qu'un point d'origine ne correspond pas au centre de diversité des haplogroupes descendants, il faut pouvoir justifier du mécanisme qui a permis la suppression (ou la migration) des lignées reliées.

Par exemple, pour J-PF4888, il est très difficile de mettre cet haplogroupe ailleurs qu'en Europe de l'est il y a 7500 ans, ça poserait beaucoup de soucis pour expliquer sa diffusion.

Il n'y a pas eu de "bottleneck" à la fin du Néolithique.

Grande nouvelle, la diversité génétique des Y en Europe/Afrique/Asie a pourtant pris une belle claque entre 7000 et 5000bp.
La littérature n'est pas d'accords avec vous.

Certes, mais pourquoi les faire survivre à des endroits où elles n'ont aucun lien à priori? Ni aucune trace d'aucune sorte?

C'est plus simple de les faire passer en Europe au néolithique, avant 7000bp (au final une expansion qui correspond à l'expansion de l'autre branche des M241 vers l'inde). Que de vouloir les faire passer en urgence vers 5500bp à la fin du bottleneck neolithique.

Certains privilégient une route par le Caucase, mais pour le coup faire entrer les L283 chez les Yamna avant l'expansion IE ... je n’achète pas l'idée, ça pose trop de soucis avec la distribution moderne.

Et que pensez-vous du J2 L283 cité dans la publication de Mathieson?

Trop tardif pour vraiment être "utile", cela fait ~1500 ans que L283 est en train de se rediffuser. Il s'en passe des choses en 1500 ans.
C'est comme l'individu dans le Caucase, il est trop tardif pour pourvoir en tirer quoique ce soit.
Au final, l'individu Croate il y a 3500 ans n'est pas une surprise, on savait déjà par l'analyse des haplogroupes descendants que L283 arrive dans les Balkans au plus tard vers 4000bp.
Faire sortir les L283 des Balkans est problématique car il manque quelques lignées les plus anciennes, signe que vers 4000 ce n'est pas une sortie, mais une entrée en Albanie pour L283.
A cette époque, le "centre" des L283 est le plus probablement quelque part autour de la Hongrie/Slovaquie.

Certaines études vont jusqu'à mettre l'origine des L283 dans le nord de la Pologne vers 5500bp ... ça me semble trop au nord, et ne correspond pas avec ce que l'on voit de la distribution moderne, surement assurée tardivement par des populations du Hallstatt qui ont du ramasser les L283 en chemin.
Une origine plus au nord aurait entrainé une distribution moderne très différente.

E.

[ffoucart]

Il y aurait beaucoup à dire, je vais tenter de faire court:
...

Moi aussi, donc, déjà: sources? Vous ne sourcez rien, et faites état de supputations ou suppositions pour invalider des résultats publiés. C'est plus que léger.

Un bottleneck doit normalement s'appliquer à une population, ce qui conduit à limiter les variations internes dans cette population du fait du faible nombre d'individus. Il n'est pas souhaitable de l'appliquer à un allèle ou haplogroupe particulier, car il n'y a pas nécessairement de réduction de la population en corrélation avec la rareté évoquée. Il s'agit ici d'une question de fréquence dans une population et pas de taille de cette population.

Non, la distribution moderne d'un haplogroupe ne présuppose rien sur sa distribution ancienne.

Deux exemples simples à vérifier, et qui ont conduit à des théories invalidés (haplogroupes Y):
- La forte proportion de R1b chez les Basques et sa distribution moderne en Europe Occidentale a fait naître la théorie que cet haplgroupe était typiquement Européen et originaire d'Europe de l'Ouest, avec diffusion au Paléolithique (pour certains) avec les proto-Basques (ou assimilés). Il y a eu plusieurs variantes. Faux: non seulement on trouve peu de R1b au Paléolithique en Europe de l'Ouest, mais il s'agit de sous-clades éteintes (cf Villabruna), ou absente aujourd'hui de cette région (V88, cf après). Les sous clades modernes résultent d'une migration de Steppe Eurasienne il y a 5000 ans, avec remplacement à un taux très élevé des chromosomes Y des populations occidentales (à plus de 90%, tant en Espagne, qu'en Grande Bretagne, ou qu'en France (mais données à confirmer pour cette dernières, cf Olalde et al 2018 ....)
- R1b V88 est présent surtout en Afrique Sub Saharienne et au Levant, ce qui a conduit à déduire qu'il était originaire du Moyen Orient et s'était diffusé probablement par le Nil vers le Sud et le Sud Ouest. La paléogénétique a trouvé V88 en Europe, mais pas au Moyen Orient (aucun R1b d'ailleurs). Ce qui conduit à lier la diffusion de R1b V88 a une diffusion en Afrique du Nord de l'Europe (plutôt péninsule ibérique plutôt qu'Italie), en liaison avec un apport d'un signal génétique WHG que l'on retrouve au Néolithique dans cette région. Puis diffusion vers le Sud.

Ce qui implique dans les deux cas de revoir complétement des théories assez consensuelles jusque là.

Les phénomènes de remplacement des populations sont courants (comme vous allez le voir dans un article en cours de validation), et les chromosomes Y sont particulièrement sensibles à ce niveau (il n'y a pas nécessairement de continuité locale des lignées, même lorsque l'haplogroupe semble identique).

Concernant J2 L283, il faut distinguer l'arrivée en Europe, et sa diffusion. Cet haplogroupe apparaît vraissemblablement dans le Caucase ou l'Iran, dans des populations du groupe Iran_N/CHG, ce que confirme la paléogénétique puisque ces populations sont massivements J et dérivés. Pour le coup, la diversité moderne correspond assez bien à cette origine. C'est des populations de ce groupe qui ont contribué à la Néolithisation de l'Inde. Mais la Néolithisation de l'Europe est due à des populations Anatoliennes, qui n'ont pas grand chose à voir avec les Iran_N/CHG. L'haplogroupe majoritaire est G2, mais on peut trouver du E et éventuellement du J.

Donc, il n'est pas impossible que J2 L283 soit arrivés avec les migrants anatoliens en Europe. Simplement, il n'apparaît nulle part, ce qui implique qu'il ne s'est pas diffusé au Néolithique. Les Néolithiques Européens sont très massivement G2 ou I2 (I2 étant une lignée WHG).

J2 L283 apparaît avec l'Age du Bronze dans les Balkans dans les restes étudiés. Pas avant. Ce qui implique une diffusion (avec effet fondateur) à cette époque.

Or, les populations des Balkans de cette époque avaient une composante génétique Iran_N/CHG non correlée avec les Steppe et on voit apparaître l'haplogroupe J à cette époque. cf:
https://reich.hms.harvard.edu/sites/reich.hms.harvard.edu/files/inline-files/nature23310.pdf
"However, they also had a component (approximately 9–32%) of
‘eastern’ (Caucasus/Iran-related) ancestry. It was previously shown that
this type of ancestry was introduced into mainland Europe via Bronze
Age pastoralists from the Eurasian steppe, who were a mix of both
eastern European hunter–gatherers and populations from the Caucasus
and Iran4,6
; our results show that it also arrived on its own, at least
in the Minoans, without eastern European hunter–gatherer ancestry.
This ancestry need not have arrived from regions east of Anatolia,
as it was already present during the Neolithic in central Anatolia at
Tepecik-Çiftlik17 (Supplementary Information section 2). The eastern
influence in the Bronze Age populations from Greece and southwestern
Anatolia is also supported by an analysis of their Y chromosomes.
Four out of five males belonging to Minoans, Mycenaeans, and
southwestern Anatolians (Supplementary Information section 3)
belonged to haplogroup J, which was rare or non-existent in earlier
populations from Greece and western Anatolia who were dominated by
Y-chromosome haplogroup G2 (refs 1, 2, 17). Haplogroup J was present
in Caucasus hunter–gatherers3
and a Mesolithic individual from Iran4
, and its spread westwards may have accompanied the ‘eastern’ genomewide influence."

La coïncidence de ces deux phénomènes, effet fondateur de J2 L283 à l'Age du Bronze, et apport préalable d'une population riche en haplogroupe J, laisse entendre un lien possible entre eux, sachant que les Steppes pontiques n'ont pas donné de J2 à cette époque ni aux époques antérieures.

Donc, entre une théorie qui veut qu'un haplogroupe soit invisible pendant des millénaires, isolés des autres sous-clades, ou soit venu avec des populations qui possédaient ces sousclades, quelle est la solution la plus probable (qui n'est pas forcément la bonne)?

Maintenant, on ne peut pas totalement exclure de trouver J2 L283 chez les Yamnaya, c'est juste très improbable. La mise en garde suivante reste valable:
"Nick Patterson (Broad) said...
1)
@Samuel Andrews
<I don't understand why the sampled the bleep out of Britain. Just like I don't <understand why they sampled the bleep out of Neolithic Hungary, East Germany, and North <Spain.
I've seen this kind of comment quite often on this blog. It misundertands the aDNA world. We pretty much take what we can get. It's not as though you successfully
recover aDNA from everywhere one would wish.
2) It's my strong guess that Northern BB spoke Indo-European, but there's no proof.
3) I think you guys overidentify clonal DNA with culture. These Bronze age cultures
are patrilocal and (for instance) we only have samples from Yamnaya at a few sites.
Hard to know the extent of Yamnaya Y-DNA variation."

Bien cordialement,

[eikvarnier]

Ecoutez, c'est vous qui ne voulez pas prendre part à des discussions scientifiques.

Je vous cites:

J'ai déjà indiqué, il me semble, que Geneanet n'est pas le lieu de débat scientifique, et que je ne m'y plierai pas.

Vous ne semblez pas informé de l'existence d'un bottleneck génétique au néolithique.
Vous ne semblez pas informé des méthodes de reconstruction de trajectoire basées sur la distribution des descendants.
Vous avez une compréhension très superficielle de la statistique et de ce qui peut-être déduit des ADN anciens.

Au final, cette discussion ne m'intéresse pas, parce que vous n'avez qu'une approche très superficielle de la question (et une tendance assez marqué pour le "cherry-picking").
Si vous voulez vous faire une idée, faites vos recherches. Quand vous aurez acquis un bagage suffisant dans le domaine, j'envisagerais peut-être d'en parler avec vous.
E.

PS: oui, certains modèles évoluent en fonction des données disponibles ... bienvenu dans le monde de la science . En science on parle de modèles, on ne prétend pas avoir une vérité absolue ... enfin pour les gens raisonnables.